Bažnyčios gyvenimo reikalams spręsti sudaromos komisijos. Priklausomai nuo iškilusio klausimo sudėtingumo - skirtingi jų lygiai ir kompetencijos. Komisijos - pastoviai veikiančios arba tikslinės. Jos taip pat skirstomos pagal tai, kuri iš bažnytinių institucijų jas sudarė: Sinodas, Konsistorija, generalinis superintendentas ar parapijos vadovybė. Pagal savo uždavinius ir atsakomybę svarbiausios yra Lietuos evangelikų reformatų Sinodo (toliau- Sinodas) sudarytos komisijos.